对于安倍的极力挽留，甘利明此前也倾向于继续担任职务，但此次其被怀疑的收受金钱问题是在过去也曾导致内阁成员辞职的重大问题。为了在日本2016年度预算案和跨太平洋经济合作协定(TPP)提交国会审议前尽早平息事态，甘利明做出了辞职的决定。
“考虑到负有监督责任除了辞职外别无选择。与小渊优子辞去经济产业相时的情况没什么两样”，在甘利明收受金钱的问题被曝光后，在日本执政党内部出现了这样的声音。
也有安倍内阁成员表示：“TPP的答辩只有甘利明能够胜任。但是如果维护甘利明的话将对政权构成严重伤害”。
甘利明在接受日本周刊杂志采访后的17日也对身边的人流露出“难以继续担任职务”的想法。第二天，甘利明在国会内与安倍会面，透露出辞职之意。但是安倍从一开始就极力挽留，表示“能够解释清楚”。
日媒称，对于透露出辞职之意的甘利明，安倍对其鼓励道：“我将从正面进行支持，你加把劲儿吧”，要求甘利明留在职位上。在场的相关人士也表示“没必要辞职”。据称甘利明在听后眼睛都湿润了。
日本官房长官菅义伟也表示，希望甘利明出席2月4日的TPP签署仪式。他与自民党的国会对策委员会的官员通电话时还表示“虽然将对政权产生一些影响，但是拜托了，请尽力保住甘利明”，显示出举全政府和执政党之力来拥护甘利明的姿态。安倍身边的人也表示“听说了消息，完全没有问题”。
甘利明也曾一度倾向于继续担任职务。但是在周刊杂志发售的21日，国会的审议开始受到影响，甘利明的态度也因此出现动摇，认为“必须避免国会中断”。甘利明担心“混乱走向长期化，如果对参议院选举产生影响，将给改选议员带来麻烦”。
“即使支持率降到10%也将支持甘利明”，甘利明之所以最终决定辞职是因为从别人口中听到了安倍这样的表态。“还是按照我所期望的(辞职)。不能再继续连累首相”，甘利明本周再次向安倍表达了辞职之意。
据称，安倍虽然再度挽留，但是甘利明低下头恳求“请成全我”，最终获得了安倍的同意。安倍在27日的参议院全体会议上表示：“希望(甘利明)继续担任重要职务”，再次透露出了期待，但是甘利明辞意已决。
甘利明辞职的消息在27日告知了一小部分自民党官员。由石原伸晃接任其职的决定也在其辞职会见前才刚刚做出。
菅义伟在28日通过电话通知自民党官员甘利明将于同一天辞职。知道安倍极力挽留甘利明的自民党官员询问“没有留住(甘利明)吗？”，菅义伟回答“没能留住，抱歉”。
“我曾一直拜托他在忍受压力、履行说明责任的情况下，继续推进政策”，28日晚间，安倍在离开首相官邸时这样说。
